Das Kommandantenhaus der Festung ist neben der Festungsanlage, Bastionen und Befestigungsanlagen das wichtigste Einzelbauwerk innerhalb des Areals.
Der markante Bau enthält noch Gebäudeteile einer mittelalterlichen Burg, auf deren Grundmauern die Renaissancefestung errichtet wurde. Ursprünglich als fürstliches Schloss genutzt, diente es später als Sitz der Festungskommandanten.
Im Jahr 1953 fand das Heimatmuseum der Stadt Dömitz hier seinen Platz, heute das Museum Festung Dömitz.
Seit 2017 ist das Kommandantenhaus geschlossen. Es besteht eine akute Gefahr für die Standsicherheit des Bauwerks und somit die Gefahr des Totalverlusts.
Deshalb startet die Stadt Dömitz zusammen mit der Deutschen Stiftung Denkmalschutz eine große Spendenkampagne.